脚本:福井晴敏・岡秀樹/絵コンテ:大倉雅彦・羽原信義/演出:小谷野竜成/総作画監督:前田明寿/作画監督:乘田拓茂
地球=ガミラス連合艦隊の奮戦虚しく、都市帝国は火星絶対防衛圏を突破しようとしていた。山南が重力圏に捕らわれたヤマトの存在を確信した一方で、AIは人類存続の為の[G計画]を発令。銀河に戦線離脱を命じた。艦長の藤堂早紀は、機械の命令とヤマト救出との間で選択を迫られる。