脚本:福井晴敏・岡秀樹/絵コンテ:麻宮騎亜/演出:小谷野竜成/総作画監督:前田明寿/作画監督:石原満・山根理宏・那花優統
ズォーダーの意志で[滅びの方舟]は目覚めた。都市帝国の残骸を喰らい、真の姿へと変貌を遂げる[滅びの方舟]。地球を覆わんばかりの超巨大な姿となった[滅びの方舟]に対峙する、満身創痍のヤマト。もはやヤマトに戦う力は残されていない。艦長として古代は、最後の決断を下す。